Le 21e siècle a été marqué par des avancées significatives dans le domaine de la génétique et de l’édition du génome. De l’achèvement du projet du génome humain au développement des thérapies basées sur le CRISPR, la science a fait des bonds en avant dans la compréhension et le traitement des maladies chroniques au niveau moléculaire. Ces innovations ont transformé la manière dont les cliniciens abordent les maladies complexes, passant de protocoles de traitement généraux à une médecine de précision adaptée aux profils génétiques individuels.
Le séquençage de nouvelle génération (NGS) représente une partie de cette transformation. En 2026, les tests NGS ne sont plus limités aux centres universitaires ou aux cliniques spécialisées dans les maladies rares. Ils font de plus en plus partie des diagnostics de routine en oncologie, en soins prénataux et en gestion des maladies infectieuses. Malgré cette présence croissante, de nombreux médecins ne savent toujours pas quand les prescrire, comment interpréter les résultats et comment surmonter les obstacles logistiques et financiers qui les accompagnent.
Cet article explore la manière dont la NGS redéfinit la prise de décision clinique, les avantages et les défis qu’elle présente et ce que l’avenir réserve à cet outil de diagnostic.
Qu’est-ce qu’un test NGS et pourquoi le commander ?
Le séquençage de nouvelle génération (NGS) est une technologie à haut débit qui permet le séquençage rapide de grandes portions d’ADN ou d’ARN. Contrairement au séquençage Sanger traditionnel, qui analyse un gène à la fois, le NGS peut séquencer plusieurs gènes, voire desgénomes entiers, simultanément. Cette capacité la rend particulièrement précieuse pour identifier les mutations, les variations du nombre de copies et d’autres altérations génétiques à l’origine de maladies.
Les tests NGS ont le potentiel de changer la gestion, d’informer le pronostic ou de guider les décisions de traitement. C’est particulièrement vrai en oncologie, où la disponibilité de thérapies ciblées comme le larotrectinib (pour les tumeurs solides positives à la fusion NTRK) et le sotorasib (pour les mutations KRAS p.G12C) a fait du profilage génomique une pierre angulaire de l’oncologie de précision.
Selon l’enquête de Sermo, divers facteurs influencent la décision des médecins de demander des tests NGS. Le plus souvent, les membres ont cité l’impact clair sur les décisions de traitement (27 %) et les recommandations de lignes directrices ou de protocoles (19 %). 30 % des personnes interrogées ont déclaré ne pas être impliquées dans la commande de tests NGS, ce qui souligne l’adoption inégale de cette technologie selon les spécialités et les contextes de pratique.
Meilleures applications des tests NGS dans la pratique
Les NGS ont trouvé leur place dans de multiples contextes cliniques, chacun avec des considérations et des avantages uniques. En réponse à un sondage, les membres de Sermo ont classé les domaines dans lesquels ils pensent que l’impact est le plus important :
Oncologie (profilage des tumeurs, sélection des thérapies ciblées)
Le profilage des tumeurs au moyen du séquençage de nouvelle génération permet aux cliniciens d’identifier les mutations exploitables qui peuvent être ciblées par des thérapies spécifiques. Cette approche a remodelé les stratégies de traitement pour des cancers tels que le cancer du poumon non à petites cellules, le cancer de la prostate et le cancer colorectal, où les altérations génétiques dictent la stratégie thérapeutique.
Dans le sondage Sermo, 35 % des médecins ont déclaré que l’oncologie était le contexte clinique dans lequel ils avaient le plus souvent rencontré ou envisagé des tests NGS. Un médecin généraliste considère qu’il s’agit de l’une des applications les plus simples. « Il n’y a pas beaucoup d’informations sur l’utilisation de la NGS dans la pratique et quand elle est clairement nécessaire », écrivent-ils. « Je pense qu’il est plus utile dans le cas des tumeurs malignes, car les schémas de maladie sont plus prévisibles.
Le passage au diagnostic moléculaire en oncologie est soutenu par l’évolution des directives thérapeutiques. Des organisations telles que le National Comprehensive Cancer Network (NCCN) recommandent désormais un profilage génomique complet pour les cancers avancés du poumon non à petites cellules, de la prostate, des ovaires et des voies biliaires, ce qui fait de la NGS un élément essentiel du bilan diagnostique.
Maladies génétiques rares ou non diagnostiquées
Pour les patients atteints de maladies génétiques rares ou non diagnostiquées, la NGS peut apporter des réponses qui étaient auparavant hors de portée. Le séquençage de l’exome entier (WES) et le séquençage du génome entier (WGS) permettent aux cliniciens d’identifier des variantes pathogènes sur des milliers de gènes, ce qui conduit souvent à un diagnostic définitif après des années d’incertitude.
20 % des médecins interrogés par Sermo ont indiqué que les maladies génétiques rares ou non diagnostiquées étaient la raison la plus fréquente pour laquelle ils envisageaient d’avoir recours à la NGS. Un pédiatre et membre de Sermo a souligné son importance : « Les plus grandes opportunités pour les tests NGS dans la pratique clinique sont la capacité d’identifier la maladie d’un patient, souvent d’un enfant. En tant que pédiatre, je reconnais son importance lorsqu’il permet des diagnostics qui, avec des thérapies de soutien appropriées, peuvent changer la qualité de vie du patient. »
Médecine prénatale ou de la reproduction
La NGS a également eu un impact sur la médecine prénatale et reproductive, en offrant des tests prénataux non invasifs (NIPT) et un dépistage des porteurs avec une grande sensibilité. Ces tests permettent de détecter des anomalies chromosomiques, des troubles monogéniques et des microdélétions qui pourraient autrement passer inaperçus jusqu’à la naissance.
Un médecin généraliste a soulevé des questions éthiques. « Il est de plus en plus utilisé, notamment en oncologie ou dans les diagnostics prénataux, ce qui est utile pour le traitement et la prévention », notent-ils. « Mais des utilisations telles que le dépistage commercial d’anomalies sans aucun problème de santé, juste pour savoir si l’on peut développer une maladie, semblent inquiétantes pour des raisons éthiques et psychologiques. »
Pharmacogénomique
La pharmacogénomique utilise des informations génétiques pour prédire comment les patients réagiront aux médicaments. Les panels de génotypage basés sur l’ADN peuvent identifier des variantes dans les enzymes métabolisant les médicaments, ce qui aide les cliniciens à éviter les réactions indésirables aux médicaments et à optimiser l’efficacité thérapeutique.
La pharmacogénomique n’a recueilli que 4 % des suffrages dans le sondage Sermo. L’adoption a été lente, en partie à cause d’une couverture d’assurance limitée et d’un manque d’outils d’aide à la décision clinique. « Les tests peuvent être inabordables ou bien accessibles en fonction du scénario, de l’emplacement et de l’assurance », note un gynécologue-obstétricien sur Sermo. Toutefois, comme les dossiers médicaux électroniques (DME) commencent à intégrer les données pharmacogénomiques, cette application pourrait se développer.
Séquençage de maladies infectieuses ou de pathogènes
La NGS est de plus en plus utilisée pour identifier les agents pathogènes dans les cas d’infection inexpliquée ou d’épidémie. Le séquençage métagénomique permet de détecter les bactéries, les virus, les champignons et les parasites en un seul test, offrant ainsi une solution diagnostique complète lorsque les cultures traditionnelles échouent. Seulement 4 % des personnes interrogées ont indiqué qu’il s’agissait d’une utilisation courante de la NGS, mais le séquençage au point d’intervention pourrait devenir de plus en plus réalisable.
4 avantages clés des tests NGS
Les avantages du séquençage de nouvelle génération vont au-delà de sa capacité à détecter des variantes génétiques. Voici comment la NGS améliore les soins aux patients :
Une détection plus complète
Les plateformes de biopsie liquide basées sur la NGS sont utilisées dans le développement de tests de détection précoce multicancéreuse (MCED), bien que l’utilité clinique et l’intégration des lignes directrices soient encore en cours d’évolution. Ces tests analysent l’ADN tumoral circulant (ADNc) dans les échantillons de sang afin d’identifier les signaux de cancer dans des dizaines de types de tumeurs. Cette approche globale augmente la probabilité d’une détection précoce, lorsque le traitement est le plus efficace.
Capacités de détection précoce
L’une des applications les plus prometteuses de la NGS est sa capacité à capter les signaux du cancer à un stade précoce, souvent avant l’apparition des symptômes. Les tests de biopsie liquide utilisant le séquençage de nouvelle génération peuvent détecter de faibles niveaux d’ADNc, ce qui pourrait permettre une intervention plus précoce.
Localisation précise
Au-delà de la détection du cancer, certains tests basés sur la NGS peuvent aider à prédire le tissu d’origine – unecaractéristique essentielle pour guider le traitement lorsque le site de la tumeur primaire est inconnu. Cette précision pourrait aider les oncologues à adapter le traitement au type de cancer spécifique, améliorant ainsi les résultats et réduisant les traitements inutiles. Cependant, les lignes directrices du NCCN pour le cancer primitif inconnu ne recommandent pas universellement la NGS pour la localisation.
Avantages opérationnels
Les résultats de la NGS sont souvent disponibles dans un délai de deux à trois semaines. Il n’y a pas d’exposition aux radiations, peu d’inconfort et peu de risques pour le patient. « Le séquençage de nouvelle génération (NGS) a révolutionné les diagnostics cliniques, en particulier en oncologie et dans la gestion des maladies héréditaires, en permettant un séquençage rapide, complet et de plus en plus abordable du génome », observe un pathologiste sur Sermo.
Dans un sondage Sermo, 13 % des médecins ont déclaré que les NGS modifiaient fréquemment la prise en charge des patients de manière significative, tandis que 37 % ont déclaré qu’elles le faisaient occasionnellement.
Surmonter les obstacles logistiques des tests NGS
Malgré leurs avantages, les tests NGS se heurtent à des obstacles logistiques importants qui limitent leur utilisation à grande échelle. Sur Sermo, un pédiatre souligne « le coût, les délais de réponse et l’interprétation des variantes incertaines ».
Les répondants au sondage Sermo ont classé les défis les plus courants et les stratégies pour les relever. Voici un aperçu de chacune d’entre elles :
Variantes de signification incertaine
Un aspect frustrant des tests NGS est l’identification de variants de signification incertaine (VUS) – des changements génétiques qui ne peuvent pas être classés avec certitude comme pathogènes ou bénins. Les VUS peuvent compliquer la prise de décision clinique, laissant les médecins et les patients dans un état d’incertitude.
Pour y remédier, les cliniciens peuvent s’appuyer sur des bases de données comme ClinVar et consulter des conseillers en génétique ou des comités de tumeurs moléculaires. Au fil du temps, à mesure que les données s’accumulent, de nombreux VUS sont reclassés, d’où l’utilité d’un examen périodique des résultats.
Limitation de l’applicabilité clinique des résultats
Toutes les variantes génétiques n’ont pas d’implications thérapeutiques. Dans certains cas, les résultats de la NGS permettent d’établir un diagnostic clair, mais n’offrent pas de possibilités de traitement. Cette situation est particulièrement fréquente dans le contexte des maladies rares, où il n’existe pas encore de thérapies efficaces.
17 % des personnes interrogées ont cité le manque de possibilités d’action clinique comme un problème majeur. La solution consiste à définir des attentes claires avec les patients avant les tests et à concentrer l’utilisation de la NGS sur les cas où des résultats exploitables sont probables.
Refus d’assurance ou problèmes de remboursement
Le coût reste un obstacle important à l’adoption de la NGS. Bien que le prix du séquençage ait considérablement baissé, la couverture d’assurance n’est pas uniforme et certains types de tests sont refusés par certains régimes ou nécessitent une autorisation préalable approfondie.
16 % des médecins interrogés par Sermo ont indiqué que les problèmes d’assurance constituaient un défi majeur. « L’utilisation des résultats de la NGS fait partie de la nouvelle mise à jour de l’OMS pour les hémopathies malignes, mais les thérapies ciblées sont difficilement disponibles dans les cabinets privés en raison des restrictions de l’aide médicale, et sont loin d’être réalisables dans les cabinets publics », écrit un pathologiste d’Afrique du Sud.
Pour éviter les problèmes de remboursement, les cliniciens peuvent se familiariser avec les politiques des payeurs, utiliser correctement les codes CPT et fournir une documentation complète de la nécessité médicale.
Longs délais d’exécution
9 % des médecins ont cité le délai d’exécution comme un obstacle. Les tests NGS peuvent prendre des semaines, ce qui peut retarder les décisions thérapeutiques. Pour atténuer ce problème, les cliniciens peuvent demander une NGS dès le début du processus de diagnostic et utiliser des panels à rotation rapide lorsqu’ils sont disponibles.
Manque d’éducation ou de formation
De nombreux médecins se sentent mal préparés à l’interprétation des résultats de la NGS. 14 % des personnes interrogées ont cité le manque d’éducation ou de formation comme un défi important. « Il y a une pénurie de connaissances et de spécialistes en NGS, et la voie à suivre est très ouverte », écrit un médecin de soins intensifs.
La solution : investir dans des programmes de formation médicale continue (FMC), exploiter les outils d’aide à la décision intégrés dans les DSE et collaborer avec des généticiens ou des pathologistes moléculaires lors de l’interprétation de résultats complexes.
Quel est le degré de confiance des médecins dans l’interprétation des résultats des tests NGS ?
Les données du sondage Sermo révèlent que l’interprétation des résultats NGS reste une courbe d’apprentissage pour de nombreux cliniciens. Seuls 9 % des répondants se sentent très confiants dans l’interprétation des résultats NGS de manière indépendante, tandis que 26 % s’appuient sur des rapports et des outils d’aide. Vingt autres pour cent se sentent modérément confiants avec l’aide de spécialistes ou de généticiens, et dix pour cent se disent peu confiants. Enfin, 34 % des répondants n’interprètent pas du tout les résultats des NGS.
Les NGS n’atteindront leur plein potentiel que si les médecins savent comment les utiliser, estime un neurologue sur Sermo. « La NGS est une étape majeure vers la médecine personnalisée, mais son impact réel dépend de l’efficacité avec laquelle nous traduisons les données génomiques en décisions cliniques pratiques », écrivent-ils.
Un médecin généraliste a fait part de son approche pratique : « D’après mon expérience, en raison des coûts élevés qui y sont associés, je me réfère à des protocoles pour savoir quand le prescrire. J’interprète les résultats à l’aide de guides et d’un deuxième avis de collègues travaillant en oncologie ou en génétique. Il faut de la formation et de l’expérience pour transmettre les résultats aux patients d’une manière simple et conviviale. À retenir : les outils d’assistance peuvent aider à traduire des données génomiques complexes en informations exploitables.
Les perspectives d’avenir : Les tests NGS au 21e siècle
Les médecins interrogés sur Sermo prévoient l’expansion du rôle des NGS dans divers domaines de la médecine. 21 % des votants pensent que la NGS deviendra une norme de soins dans de nombreuses spécialités, tandis que 27 % s’attendent à ce qu’elle se développe principalement en oncologie et dans les maladies rares. « En oncologie, elle deviendra une norme et représentera une avancée dans les traitements », prédit un radio-oncologue.
Par ailleurs, 26 % pensent que les NGS resteront limitées à certaines indications et 11 % pensent que la croissance pourrait dépasser la capacité des cliniciens à interpréter les résultats.
2026 pourrait marquer le début d’une évolution vers le séquençage au point d’intervention pour les maladies infectieuses et les diagnostics rapides. Des séquenceurs portables sont déployés dans le cadre de la recherche et des épidémies, permettant l’identification en temps réel des agents pathogènes et l’établissement de profils de résistance aux antimicrobiens. Cette évolution pourrait améliorer la réponse aux épidémies et les résultats chez les patients gravement malades.
Parallèlement, l’intelligence artificielle joue un rôle de plus en plus important dans l’interprétation des NGS. Les algorithmes d’IA peuvent signaler des variantes exploitables, prédire les réponses aux médicaments et identifier de nouvelles cibles thérapeutiques.
Transformer les soins cliniques, une séquence à la fois
En 2026, les NGS pourraient transformer la médecine de précision. Les avantages de la NGS comprennent la détection complète, le diagnostic précoce, la localisation précise et les tests non invasifs. Cependant, des défis subsistent, allant de l’interprétation de variantes dont la signification est incertaine à la gestion des refus d’assurance.
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